Der Wasserstoffatemtest basiert auf der Messung der Konzentration des Wasserstoffs (H₂) in der Ausatemluft. Wasserstoff entsteht im Dickdarm durch die bakterielle Zersetzung von Kohlenhydraten (z. B. Zuckerstoffe). Der Wasserstoff wird vom Blut aufgenommen und über die Lunge ausgeatmet.

Bestimmte Regeln müssen in der Vorbereitungsphase des Atemtests eingehalten werden.